Створення Історико-культурного заповідника пов'язане з роботою Вишгородської археологічної експедиції Інституту історії матеріальної культури (1934—1937 рр.) під головуванням Тадея Мовчанівського. На нараді в липні 1934 р. було вирішено звернутися до державних органів охорони з проектом захисту всього комплексу споруд Межигір'я, окремі ділянки зробити заповідними. Зважали й на кон'юнктуру: вважалося, що Вишгород привертатиме «велику увагу істориків і письменників у зв'язку з проблемами історії м. Києва». Вважалося також, що для виконання завдань експедиції потрібна «підготовка і концентрація найкращих наукових сил з усієї України».
Виробнича нарада з питань оголошення території городища заповідником відбулася 16 липня 1935 р. Зусилля науковців і краєзнавців не виявилися марними - 9 вересня 1935 р. територія давнього Вишгорода офіційною постановою була оголошена заповідною. Але після Другої світової війни про заповідник уже ніхто не згадував.
Сучасний Вишгородський історико-культурний заповідник був заснований 6 липня 1994 року, згідно з Указом Президента України та Постановою Кабінету Міністрів України. Першим директором був Кушнірук Віталій Миколайович. З осені 2016-го заповідником керує кандидат історичних наук Влада Литовченко.
2006 року відкрився один із провідних підрозділів заповідника — Музей давньоруського гончарства.
Створений 1982 року, Вишгородський історичний музей є найстаршим структурним підрозділом державного історико-культурного заповідника. 2008 року його реконструювали. 2010 року територія Історичного ландшафту давньоруського Вишгорода (охор. № 5899-Ко, Наказ Міністерства культури України від 21.12.2010 за №1266/0/16-10) була внесена до Державного реєстру нерухомих пам’яток України. Досить різноманітне і добре збережене історичне середовище займає міську гору. Крім дитинця Вишгородського городища, воно включає забудову дуже давніх і тісно пов’язаних із ним вулиць Калнишевського й Межигірського Спаса, берегові схили з пасмом зелених територій. Історичний ареал Вишгорода сприймається як цілісне містобудівне ландшафтне утворення. Цей краєвид значної історичної й художньої цінності потребує дбайливого збереження, оскільки може бути порушений навіть незначним втручанням.
Основними завданнями заповідника є: